L’Area presenta importanti praterie di Posidonia oceanica, che cresce rigogliosa sulle rocce come anche sul sostrato sabbioso fino a circa quaranta metri. Tra le piante marine vivono e si riproducono pesci pettine, triglie, rombi, pesci lucertola, tracine, occhiate, donzelle, bavose, corvine e saraghi.
Oltre alla specie più diffusa e conosciuta del Mediterraneo, non manca un’altra fanerogama marina, la Cymodocea nodosa. Le fitte distese verdi offrono rifugio a numerose specie animali non meno delle tante grotte e anfratti che caratterizzano i fondali rocciosi di vari tipi di coralligeno, dove è molto diffusa la rosa di mare, un’alga rossa sciafila che cresce preferibilmente proprio su quel sostrato.
E sul coralligeno crescono le alghe brune del genere Cystoseira, le cui foreste sommerse contribuiscono anch’esse notevolmente allo sviluppo della biodiversità, oltre a svolgere una preziosa funzione nella produzione di ossigeno e nell’imprigionamento di anidride carbonica.
Altra particolarità dell’Amp pontina è la notevole presenza di grotte e di anfratti, che creano nelle rocce, già a una bassa profondità, ambienti sciafili, ovvero poveri di luce, che solitamente si trovano a profondità maggiori. E lì sono di casa le gorgonie (Paramuricea clavata), che tingono di rosso intenso e violaceo ampi tratti dell’area protetta. Con il loro vivido color arancione, le margherite di mare (Parazoanthus axinellae) sono diffuse anch’esse nelle tante cavità, dove trovano rifugio ideale murene, polpi e cernie. I pesci pelagici come ricciole, lampughe e tonni hanno il loro regno nei punti più profondi, che sono anche a poca distanza dalla costa.
Frequenti sono gli avvistamenti di cetacei in tutta l’Area: capodoglio, stenella, globicefalo e anche il rarissimo delfino comune. E vi si incontrano anche le tartarughe Caretta caretta.

Nell’AMP la zona A di riserva integrale è davanti all’isola di Santo Stefano e lì sono vietate tutte le attività, a parte quelle autorizzate per la ricerca scientifica. Nella Zona B di riserva generale, la più ampia, la navigazione è consentita solo a oltre 500 metri dalla costa, mentre è permessa a una distanza inferiore solo per i cittadini delle isole; sono consentite visite guidate e immersioni previa autorizzazione. Tutta la parte restante dell’AMP, compreso il porto, è Zona C di riserva speciale e vi sono consentite navigazione, pesca e immersioni senza autorizzazione.
Nei fondali delle isole sono presenti relitti di navi romane, i cui reperti sono esposti nel Museo archeologico comunale.