Un ampio bassofondo, in parte affiorante dalla superficie del mare, che nella multiformità e complessità della sua struttura geologica custodisce habitat differenti, tutti “strategici” per la varietà e l’importanza delle tante specie animali e vegetali che li popolano. Le Secche della Meloria presentano lussureggianti praterie di Posidonia, che crescono sia su sostrato roccioso che sabbioso. E la pianta marina svolge appieno la sua preziosa funzione favorevole alla vita e al benessere di tante specie diverse, tra cui Pinna nobilis e cavalluccio marino, così come l’altra fanerogama mediterranea, pure rappresentata nell’Amp, la Caulerpa racemosa. Le zone rocciose dove cresce anche la Posidonia si caratterizzano per la presenza di anfratti e scarpate, tutti ricchi di varie forme di vita come le radure sabbiose che si aprono in vari punti delle secche. A maggiore profondità inizia a prevalere il coralligeno, annunciato dalla magnifica gorgonia bianca (Eucinella singularis), con le specie animali artefici della sua continua costruzione e le altre che vi sono associate. Ma l’Amp presenta anche un’altra particolarità che ne fa una realtà unica in tutto il bacino mediterraneo: i cosiddetti “catini”.

Si tratta di depressioni di origine carsica dalla tipica forma circolare o semicircolare, che si aprono nella secca e che si sono formate in epoche antichissime. Non ce n’è una identica all’altra. Ogni “catino” si differenzia per le caratteristiche delle pareti più o meno ripide che lo delimitano, per la profondità e per il tipo di detriti depositati sul fondo, configurandosi così come un vero e proprio microhabitat. Elemento comune tra i “catini” è il sostrato roccioso, dove spesso cresce la Posidonia. Nelle parti più luminose crescono alghe fotofile come la pavonia (Padina pavonica), l’ombrellino di mare (Acetabularia acetabulum), la palla verde (Codium bursa), nei punti più in ombra proliferano alghe sciafile come l’alga rossa rosa di mare (Peyssonnelia squamaria) e specie animali emisciafile e sciafile, tra le quali la margherita di mare (Parazoanthus axinellae).

I diversi habitat delle Secche pullulano di animali marini, delle specie più varie, comprese numerose rare. Ci sono policheti come Heunice torquata; briozoi e tunicati; i coloratissimi nudibranchi quali la flabellina rosa (Flabellina affinis) e altri molluschi come l’orecchio di San Pietro (Haliotis tuberculata) e i polpi che popolono gli anfratti; varie specie di granchi come l’eremita (Dardanus arrosor) e il paguro Bernardo (Dardanus calidus); stelle marine tra cui la stella spinosa grande (Astropecten aranciacus); meduse come la Pelagia noctiluca e attinie; gorgonie a cominciare dalla rossa Paramuricea clavata e coralli, compreso il rosso.

Tra le specie di pesci si incontrano: sogliola, bertella arancione, tordo pavone, tordo ocellato, murena, cernia bruna, scorfano, salpa, sarago, mormora, dentice, pesce ago, pesce rondine (Dactylopterus volitans) e il raro capone ubriaco (Chelidonichthys lastoviza)

Ė collocata a ovest della Torre e del Faro della Meloria la zona A di riserva integrale dell’Amp, dove non è consentita alcuna attività, escluse quelle legate alla ricerca scientifica e al monitoraggio ambientale autorizzate dall’Ente Parco. 

La zona B di riserva generale circonda la zona A e si estende verso est oltre l’allineamento tra il Faro e la Torre. Vi è consentita ovunque la balneazione. Ė suddivisa in tre sottozone che prevedono una diversa regolamentazione delle attività di pesca professionale e di pesca sportiva, delle immersioni e delle visite guidate subacquee. 

La Zona B1 è la parte più orientale della zona B e vi sono consentite immersioni, visite guidate subacquee, la navigazione da diporto e trasporto passeggeri, l’ormeggio e l’ancoraggio, mentre è vietata qualunque forma di pesca, fatta eccezione quella al riccio, se autorizzata. La B2 è la parte più orientale della B e vi sono vietate le immersioni, le visite guidate subacquee, mentre vi sono consentite, se autorizzate, la navigazione da diporto, l’ormeggio e l’ancoraggio, il trasporto passeggeri e il whale watching, mentre la pesca professionale, ricreativa e il pescaturismo cono consentiti solo ai residenti di Livorno, Pisa e Collesalvetti; la B3, che è la più piccola, è inglobata nella B3 ed è stata istituita nel 2016, a vantaggio dei residenti dei Comuni di Livorno, Pisa e Collesalvetti, che all’interno di essa hanno la possibilità di navigare liberamente e di praticarvi la pesca sportiva, ricreativa e il pescaturismo. L’altro obiettivo per il quale è stata creata è di permettere le visite guidate nell’area della Torre e del Faro, che sono due monumenti di notevole interesse storico e turistico, a cui, peraltro, i residenti sono molto legati. In tutta la zona B è vietato il trasporto marittimo di linea e vi sono vietati immersioni, trasporto marittimo di linea e pesca professionale, a parte il riccio, ma previa autorizzazione,   oltre alla navigazione da diporto eccetto che per i residenti di Pisa e Livorno, così come la pesca nelle varie modalità è permessa solo ai residenti di Pisa, Livorno e Collesalvetti. 

La zona C di riserva parziale corrisponde alla parte più estesa e più esterna all’interno della perimetrazione e, dunque, al tratto di mare non compreso nella A e nelle B. Vi è permesso tutto ciò che è consentito nelle altre zone, e inoltre, previa autorizzazione dell’Ente gestore, immersioni e visite guidate subacquee, navigazione da diporto e navigazione di linea, ormeggio, ancoraggio e whale-watching; la pesca professionale, ricreativa e la pescaturismo sono consentite solo ai residenti di Livorno, Pisa e Collesalvetti. 

Ovunque è vietata la pesca subacquea.

Le Secche della Meloria sono considerate un paradiso di archeologia subacquea per le testimonianze storiche che custodiscono soprattutto dove si trovano il faro e della torre, fin dall’età romana luogo di naufragi, provocati proprio dalle rocce affioranti, che hanno lasciato relitti di navi militari e civili di varie epoche. Proprio per i frequenti naufragi dovuti alle insidie di quel tratto di mare, nel 1157 la Repubblica marinara di Pisa decise di costruire in quel sito una torre di avvistamento per eventuali nemici, che provvedesse anche a segnalare il pericolo incombente con fiaccole sempre accese nella notte, una “Lanterna” come veniva chiamata. Nel 1867, a poca distanza dall’antica torre, fu costruito un faro, sempre per segnalare il pericolo, che poi venne sostituito da quello attuale, più moderno e adeguato, nel 1950.