L’intera Area Marina è considerata un vero paradiso naturalistico per le particolarità che ne caratterizzano ogni tratto. La costa frastagliata del promontorio presenta un gran numero di piccole insenature e grotte e custodisce ricchi giacimenti di fossili che, testimoni di una complessa evoluzione geologica, portano a studiarli e frequentarli esperti e appassionati delle più varie provenienze. 

Habitat prioritario di assoluto rilievo anche nel mare milazzese, le vaste e rigogliose praterie di Posidonia sono presenti lungo l’intero perimetro costiero del promontorio e in ogni parte dell’Amp, dove favoriscono la vita e la proliferazione di tante specie animali che vi trovano rifugio, cibo e condizioni ideali per la crescita delle loro nuove generazioni.  A maggiori profondità rispetto al livello della Posidonia, anch’esso scrigno di una grande diversità biologica, si trova il coralligeno con le tante specie vegetali e animali che vi sono aggregate. Particolarmente rappresentate e diffuse nell’Amp sono le gorgonie. Man mano che si scende, s’incontra prima la gorgonia bianca (Eucinella singularis), poi la gialla (Eucinella cavolinii) e, già intorno ai trenta metri sempre più prevalente, la spettacolare gorgonia rossa (Paramuricea clavata). 

Nei fondali di Milazzo, in particolare a nord della Secca di Ponente, si riscontra una significativa presenza di corallo nero (Anthipatella subpinnata), mentre ha una diffusione a maggiore profondità il cosiddetto falso corallo nero (Savalia savaglia). Sempre sul lato occidentale della secca vivono esemplari della Stella gorgone (Astrospartus mediterraneus), rarissima ovunque nel Mediterraneo, che è stata scelta come simbolo dell’Amp di Capo Milazzo. 

La fauna ittica è diffusissima ovunque, in termini di varietà delle specie e di numerosità degli esemplari, am le secche ne sono particolarmente ricche. Vi si incontrano branchi di barracuda mediterraneo, a livello locale noto come “aluzzu”, oltre a cernie rosse (Mycteroperca rubra) e dorate, ovvero i dotti (Epinephelus costae), saraghi, corvine, dentici, scorfani e musdee. Le pareti bassa profondità sono popolate da tonnetti che d’estate possono essere osservati da chi si immerge mentre si nutrono nei banchi di acciughe, sardine e latterini. Tra gli anfratti rocciosi vivono le aragoste (Palinurus elephas). Le tante grotte rappresentano microhabitat particolari nei quali è frequente il Parapandalo o gamberetto rosa (Plesionika narval).

Nella Zona A di riserva integrale, posta a nord, al largo di Capo Milazzo, è vietato ancoraggio e le manovre per avvicinare o per lasciare i luoghi di ancoraggio vanno fatte a velocità non superiore ai tre nodi e con rotta perpendicolare alla linea di costa. Ė consentita solo l’attività di ricerca scientifica.

Due sono le zone B di riserva generale: una corrisponde al tratto di mare prospiciente la baia di Sant’Antonio, l’altra circonda in parte Capo Milazzo da Punta Gamba di Donna a ovest a Punta Mastro Stefano a est e ingloba Punta Baldassarre e Punta Mazza.  Vi è consentito l’ancoraggio a natanti e imbarcazioni da diporto solo su fondali inerti o ciottolosi individuati in aree specifiche. Vi sono vietate pesca subacquea e uso di acquascooter. Sono, invece, consentiti: balneazione; navigazione a vela, pedali, remi ed elettrica. Sono regolamentati la navigazione a motore e l’ancoraggio. Sono possibili, se autorizzati dall’ente gestore l’ormeggio; il trasporto passeggeri e visite guidate; la piccola pesca artigianale solo ai residenti, pescaturismo e pesca sportiva; le visite guidate e le immersioni individuali o di gruppo e il whale watching.

La Zona BS di riserva generale speciale si estende tra l’estremità ovest del Capo e la zona di mare a nord, sotto la parte sud-occidentale della zona A. In essa è vietato l’ancoraggio e le manovre per avvicinare o per lasciare i luoghi di ancoraggio vanno fatte a velocità non superiore ai tre nodi e con rotta perpendicolare alla linea di costa. Sono vietati pesca subacquea, acquascooter, piccola pesca artigianale anche ai residenti, pescaturismo e pesca ricreativa e sportiva. Sono consentite la balneazione e la navigazione a vela, remi, pedali ed elettrica. Solo con autorizzazione sono consentiti ormeggio e ancoraggio; trasporto passeggeri e visite guidate; visite subacquee e immersioni individuali o di gruppo e whale watching.

La zona C di riserva parziale comprende tutto il resto del mare all’interno del perimetro, tutt’intorno alle altre zone e a Capo Milazzo, da Testa dell’Impiccato a ovest fino a Punta Cirucco a est. Vi è consentito l’ancoraggio ai natanti, alle imbarcazioni e alle navi da diporto esclusivamente su fondali inerti o ciottolosi individuati in alcune aree. Sono anche consentiti la balneazione e la navigazione a vela, remi, pedali e elettrica. Sono permessi, previa autorizzazione dell’ente gestore, le attività di ricerca; l’ormeggio; il trasporto passeggeri e visite guidate; la piccola pesca artigianale ai residenti, pescaturismo e pesca ricreativa e sportiva; le immersioni individuali e di gruppo; le visite guidate subacquee e il whale watching. Sono regolamentati la navigazione e l’ancoraggio. Sono vietati, come in tutto il resto dell’Amp, la pesca subacquea e l’uso di acquascooter.  

Nella bellezza che connota ogni versante del promontorio di Milazzo, soprattutto lì dove la terra s’incontra con il mare, stando all’unanime giudizio di chi abbia potuto ammirarla, la cosiddetta Piscina di Venere è indicata tra i luoghi più speciali e spettacolari dell’intera Sicilia. Ci si arriva percorrendo un sentiero tra una ricca vegetazione di ulivi, viti e piante della flora spontanea, anch’essa esempio di notevole biodiversità. Poi, quasi giunti a Punta Messinese, che è l’estremità di Capo Milazzo, si scende una scala di 200 scalini che, non a caso, è conosciuta come “Scala del Paradiso”. Punto di arrivo è una piscina naturale, racchiusa da pareti rocciose di grande effetto scenografico per i loro profili modellati dal mare e dagli elementi, come lo scoglio del “carciofo”. La pozza, dove l’acqua è solitamente più calda di quella del mare aperto con cui è assicurato il ricambio, offre una vista magnifica dell’isola di Vulcano e anche delle altre isole dell’arcipelago eoliano, quando la visibilità è favorevole. Per questo, gli antichi indicavano nella pozza il luogo prediletto per i suoi bagni da Venere, che vi osservava l’isola del marito Vulcano, che a sua volta poteva ammirarla. Al di là del piacere del bagno che vi si può prendere in totale relax e del fascino del contesto, riserva emozioni anche lo snorkeling alla scoperta del fondale, dove l’acqua trasparente rivela colonie di piccoli crostacei, di molluschi, di ricci e di varie specie di pesci.