Il mare dell’arcipelago rappresenta una sintesi di tutti i principali ambienti del Mediterraneo con i loro caratteristici abitanti.
Le spiagge di Lampedusa, prima fra tutte quella dei Conigli davanti all’isola omonima, e la spiaggia della Pozzolana di Ponente a Linosa possono vantare la più lunga frequentazione da parte delle tartarughe Caretta caretta per la deposizione delle uova. Gli animali tornano ogni anno con regolarità e, dunque, è riservata particolare attenzione alla tutela dei nidi.
Sul versante meridionale di Lampedusa e nelle zone di marea è presente il trottoir a vermeti con fasce di alga bruna Cystoseira amentacea e formazioni dure figlie dell’alga calcarea Lithophyllum papillosum.
Lungo le coste delle isole, oltre alle calette con relative lingue di sabbia, si aprono numerose grotte, in parte sommerse, dove le creature marine trovano condizioni ideali di sopravvivenza. L’Astroides calcularis si fa notare con il suo arancione sgargiante sulle pareti di roccia, già a una profondità minima.
In tutto il mare dell’arcipelago sono presenti floride praterie di Posidonia oceanica con il loro fondamentale corredo di biodiversità Linosa ha coste alte di scure rocce vulcaniche, che lasciano spazio a deliziose calette lungo il perimetro dell’isola. Una conformazione che si prolunga sott’acqua con pareti ripide e scoscese, in cui si aprono anfratti e cavità. Tra Punta Beppe Tuccio e Calcarella c’è anche una piccola secca rocciosa, Secchitella, che s’innalza fino a pochi metri dalla superficie, per poi digradare lentamente, prima di precipitare fino a cinquanta metri. Ė il regno di castagnole rosse (Anthias anthias) e bruno (Chromis chromis)
Visibililità sott’acqua fino a trenta metri ideale immersioni e snorkeling. Anche lungo i fianchi dell’isola di Lampione le pareti di roccia costiere scendono fino a sessanta metri di profondità, accogliendo sulla loro superficie le più diverse specie. Dove le profondità aumentano, prevale il coralligeno, con alghe di diverso colore prevalente a seconda del livello e le popolazioni di gorgonie, coralli, molluschi, spugne e stelle marine. E tanti pesci, con i grossi pelagici, tra i quali tonni e pescispada. Ma anche squali di varia taglia: il mako, il topo, la verdesca e lo squalo grigio.
Frequenti sono gli incontri con i cetacei, compreso il rarissimo delfino comune (Delphinus delphis).
Per la sua posizione, il mare dell’arcipelago è anche un avamposto nell’avvistamento delle specie aliene, man mano che si diffondono da una parte all’altra del bacino mediterraneo. Una condizione favorevole per gli studi che approfondiscono i temi dell’ingresso di alieni e, in particolare, la correlazione di questo fenomeno con il cambiamento climatico e le relazioni che si stabiliscono tra i nuovi arrivati e le specie endemiche.

Le zone A di riserva integrale si trovano, a Lampedusa, nel tratto di mare antistante la costa nord di Capo Grecale; intorno all’Isola dei Conigli e davanti alla corrispondente costa di Lampedusa; a nord di Linosa davanti agli scogli di Tramontana. Vi sono consentiti l’accesso e la sosta di imbarcazioni di sorveglianza e soccorso e per l’attività di ricerca scientifica autorizzati dall’ente gestore; la balneazione con le modalità stabilite dall’ente gestore intorno all’Isola dei Conigli.

Le zone B di riserva generale comprendono il tratto di mare antistante la costa nord-orientale dell’isola di Lampedusa tra Punta Cappellone e Cala Calandra; il tratto di mare intorno alla zona A che circonda l’Isola dei Conigli; il tratto di mare davanti la costa settentrionale di Linosa, compreso tra Punta Balata Piatta e Punta Beppe Tuccio. Vi sono consentiti, purché autorizzati e regolamentati dall’ente gestore: balneazione; visite guidate subacquee con i centri di immersione con sede nel Comune dell’Amp; la navigazione a vela, a remi e a motore, ma a velocità non superiore ai cinque nodi; la navigazione a motore per il trasporto collettivo e le visite guidate anche subacquee; ancoraggio in zone individuate e ancoraggio a mazzera, ovvero con cima e pietra, ai soli residenti di Lampedusa e Linosa; ormeggio in zone individuate e specificamente attrezzate; ancoraggio alle imbarcazioni a motore per l’esercizio della pesca professionale, con attrezzi della piccola pesca; pescaturismo, riservato ai pescatori professionisti residenti; pesca sportiva con lenza e canna solo per i residenti.

La zona C di riserva parziale ingloba il resto del mare all’interno del perimetro dell’Amp. Vi sono consentiti, sempre con autorizzazione e regolamentazione dell’ente gestore: balneazione, visite guidate subacquee attraverso i centri di immersione con sede nel Comune dell’Amp; navigazione a vela, a remi, a motore ma con velocità non superiore ai dieci nodi; navigazione a vela per il trasporto collettivo e per visite guidate anche subacquee; ancoraggio nei siti individuati e a mazzera (con cima e pietra) ai soli residenti di Lampedusa e Linosa; ormeggio in zone individuate e specificamente attrezzate; ancoraggio alle imbarcazioni a motore per la pesca professionale con attrezzi della piccola pesca; pesca turismo riservata ai pescatori professionisti residenti; pesca sportiva con lenza e canna.

Dovunque vige il divieto di caccia, cattura, raccolta e danneggiamento che possa mettere in pericolo specie vegetali e animali e l’immissione di specie estranee; di asportazione anche parziale di materiali e reperti archeologici; di alterazione dell’ambiente, di immissione di sostanze o rifiuti; di intralcio alle attività di ricerca scientifica.

Il mare dell’isola di Lampione, in autunno, ogni anno, diventa un punto di aggregazione per gli squali grigi della specie Carcharinus plumbeus. Un comportamento che si è osservato di rado in altri siti e che è stato oggetto di un progetto scientifico dell’Amp con i ricercatori dell’Università di Palermo. Lo studio ha consentito di approfondire il “rito” annuale, a cui si è accertato che partecipa qualche decina di esemplari, sia adulti che giovanili. E siccome tra gli obiettivi del progetto c’era anche di verificare se e quali attività umane in zona arrecassero disturbo agli animali, è emerso dalle osservazioni dei ricercatori che il rumore delle imbarcazioni in navigazione e anche la presenza di subacquei per immersioni non autorizzate e regolamentate dall’ente gestore spingono gli animali a spostarsi fuori dell’Amp per evitare il problema, ma con notevoli rischi per la loro salute in tratti di mare in cui non usufruiscono della protezione dell’Area marina stessa.