Alte falesie rocciose calcaree alternate a tratti di costa bassa e sabbiosa, come la grande spiaggia di Mugoni, lunga ben quattro chilometri, e numerose grotte a contatto con il mare, alcune emerse come la famosa Grotta di Nettuno, altre sommerse, custodi di particolari forme di vita: questo è lo scenario naturale dell’Amp, che nelle profondità marine è caratterizzata sia da fondali sabbiosi che rocciosi, oltre a tratti di marciapiedi a vermeti nella zona di mare, con la presenza dell’alga calcarea Lithophyllum byssoides.

I fondali sabbiosi sono il regno della Posidonia, che cresce florida in quasi tutta la baia di Porto Conte, dove accoglie, tra le tante specie animali, vari tipi di ricci e la nacchera (Pinna nobilis), oltre che lungo la costa da Punta Giglio a Capo Galera; tra il promontorio e l’isola Foradada e anche tra l’Isola Piana e il promontorio di Capo Caccia, dalla Cala Barca a Cala Puntetta, che segna il limite dell’Amp a occidente.

Sui fondali rocciosi la dominatrice è l’alga bruna Cystoseira, ma vi si trovano anche l’altra alga bruna coda di pavone (Padina pavonica) e l’alga verde Dasycladus clavaeformis. 

Davanti all’isola Isola Piana, in un tratto di mare al largo è segnalato il coralligeno con le sue tipiche specie animali e vegetali. Dai 15 metri iniziano gli insediamenti di gorgonie bianche e gialle del genere Eunicella, che si associano a maggiori profondità alla gorgonia rossa (Paramuricea clavata), come a est del promontorio di Capo Caccia. 

Invece, nelle grotte prevale il precoralligeno con il fico d’India di mare (Halimeda tuna), nelle zone ombrose gli esacoralli margherita di mare (Parazoanthus axinellae) e madrepora gialla (Leptopsammia pruvoti). Nella spettacolare Grotta verde si trova l’unico sito con la madrepora cuscino Cladocora cespitosa. Sempre nelle grotte proliferano le spugne calcaree del genere Clathrinae nella magnifica Grotta di Nereo, meta di immersioni, si possono ammirare colonie di corallo rosso, peraltro piuttosto diffuso nell’Amp. La Grotta dei Cervi a Punta Glglio, inoltre, è nota per un rarissimo giacimento di cervo fossile Megacerhus cazioti.

Nel mare dell’Area Marina vivono le più diverse specie di crostacei: aragosta (Palinurus elephas), astice (Homarus gammarus), cicala di mare, granchio facchino (Dromia personata), gambero meccanico (Stenopus spinosus), galatea strigosa (Galatheoidea) e, molto diffuso, il gamberetto rosso parapandalo. Tra le specie da proteggere ci sono anche le patelle come la ferruginea. Tanti i pesci: la cernia bruna (Epinephelus marginatus) e la bianca (Epinephelus aeneus), di cui è vietata ovunque la pesca; le più diverse specie di Labridi come i tordi e di Sparidi come i saraghi. E ancora: re di triglie (Apogon imberbis), bavosa bianca (Parablennius rouxi), mennola (Spiacara maena), donzella (Coris julis), donzella pavonina (Thalassoma pavo), ghiozzo listato (Gobius vittatus), branzino (Dicentrarchus labrax), triglia di scoglio (Mullus sumuletus), tanuta (Spondyliosoma cantharus), peperoncino (Tripterygion tripteronotus) e peperoncino giallo (Tripterygion delaisi), salpa (Sarpa salpa) e, negli anfratti rocciosi grongo e murena, oltre ai polpi, anch’essi animale protetto. 

Non mancano i grandi mammiferi marini come stenella e balenottera comune, oltre a una popolazione stabile di tursiope. Il mare dell’Amp è frequentato anche da tartarughe marine Caretta caretta e da diversi squali, tutti rigorosamente protetti.  

Tra le alte falesie e le scogliere nidificano varie specie di uccelli marini, anche rari: gabbiano corso, berta maggiore, berta minore, marangone dal ciuffo a Cala della Barca, uccello delle tempeste, dichiarato a rischio di estinzione e quindi oggetto di attività di ricerca e monitoraggio, e marangone dal ciuffo a Cala della Barca.  Non è raro ammirare il volo del falco pellegrino.

Le sue Zone A di tutela integrale corrispondono, la prima, al tratto di mare a ovest dell’isola Piana fino a 200 metri al largo dalla costa; la seconda, al tratto di mare intorno a Punta Sant’Antonio, nei pressi di Port Agra. Vi sono vietati: l’attività di balneazione; le immersioni in apnea e le visite subacquee guidate; la navigazione dei natanti per trasporto collettivo e visite guidate; l’ormeggio e l’ancoraggio; qualunque attività di pesca.

Le due Zone B di tutela generale comprendono: la zona occidentale della penisola di Capo Caccia da Punta Gessiere fino al promontorio di Capo Caccia e una porzione del versante orientale fino a Cala del Bollo; la zona orientale di Porto Conte tra la Punta del Cerchio e Punta Giglio e la falesia da Punta Giglio a Cala Galera. Vi sono consentiti: la balneazione; le immersioni autorizzate in apnea nei siti stabiliti, ma non in solitaria; le visite subacquee diurne autorizzate. in siti definiti e nelle grotte sottomarine, svolte dai Centri di immersione autorizzati. Sono permesse la libera navigazione a remi, vela e a pedali; la navigazione per natanti e imbarcazioni a una velocità non superiore ai 5 nodi; la navigazione alla velocità massima di 3 nodi entro i 100 metri, per raggiungere la Grotta Foradada, attraversare il canale Isola Piana e raggiungere i siti di ormeggio e ancoraggio attrezzati; la navigazione autorizzata dei natanti per il trasporto collettivo e le visite guidate, con velocità non superiore ai 3 nodi entro i 100 metri. L’ormeggio è consentito, se autorizzato, ai natanti e alle imbarcazioni da diporto nei siti stabiliti. L’ancoraggio è vietato sui fondali con Posidonia e con coralligeno specificamente indicati dall’ente gestore. Ė permessa, se autorizzata, la piccola pesca costiera ai pescatori locali, che possono praticare anche il pescaturismo, previa autorizzazione. La pesca sportiva è consentita solo ai residenti ad Alghero e ai non residenti, previa autorizzazione dell’ente gestore. 

La Zona C di riserva parziale identifica la fascia di mare intorno alle Zone B e la maggior parte del golfo di Porto Conte compreso il corridoio di accesso centrale. Vi sono consentiti: la balneazione; le immersioni autorizzate in apnea nei siti stabiliti, ma non in solitaria; le visite subacquee diurne autorizzate. in siti definiti e nelle grotte sottomarine, svolte dai Centri di immersione autorizzati. Sono permesse la libera navigazione a remi, vela e a pedali; la navigazione per natanti e imbarcazioni a una velocità non superiore ai 5 nodi entro i 300 metri dalla costa, non superiore ai 10 nodi oltre i 300 metri dalla costa; la navigazione alla velocità massima di 3 nodi entro i 100 metri, per raggiungere la Grotta Foradada, attraversare il canale Isola Piana e raggiungere i siti di ormeggio e ancoraggio attrezzati; la navigazione autorizzata dei natanti per il trasporto collettivo e le visite guidate, con velocità non superiore ai 3 nodi entro i 100 metri. L’ormeggio è consentito, se autorizzato, ai natanti e alle imbarcazioni da diporto nei siti stabiliti. Ė permessa, se autorizzata, la piccola pesca costiera ai pescatori locali, che possono praticare anche il pescaturismo, previa autorizzazione. La pesca sportiva è consentita solo ai residenti ad Alghero e ai non residenti, previa autorizzazione dell’ente gestore. 

Nell’Amp sono proibiti ovunque acquascooter e sci d’acqua. Sono vietate la pesca subacquea, il ripopolamento attivo e l’acquacoltura. Non è consentita la pesca professionale con attrezzi trainati, con la sciabica, con reti derivanti e a circuizione, con l’uso di fonti luminose. Ė vietata la pesca di specie protette dalla Direttiva Habitat come tonno bianco, tonno rosso, pesce spada, pesce castagna, squali di varie famiglie, nacchera, varie specie di patelle a rischio, dattero di mare, corallo rosso, cicala grande, riccio diadema e di tutte le cernie. Ai pescatori sportivi è vietata, inoltre, la pesca di riccio di mare, ombrina, aragosta, astice, magnosa, favollo ed è vietato il prelievo pure di polpo e polpessa. In tutta l’Amp, compresa la zona A sono consentite, previa autorizzazione, le attività di ricerca scientifica con l’eventuale prelievo di organismi e materiali dal mare.