Nota anche come isola di Sant’Eugenio, perché la leggenda vuole che il vescovo di Cartagine vi abbia trascorso diversi anni della sua vita fino alla morte, l’isola di Bergeggi, dalla particolare forma triangolare, s’innalza dal mare per un’altezza di 53 metri davanti al promontorio di Punta Predani, pressappoco al centro del tratto di costa inglobato nell’Amp. Sulla sommità, spiccano i resti della torre medievale, costruita su una preesistente torre romana, di una chiesa paleocristiana e di un monastero dell’XI secolo. Tutt’intorno la roccia calcarea è in gran parte ricoperta da macchia mediterranea, mentre nella parte più a contatto con il mare crescono l’euforbia (euphorbia dendroides), il finocchio di mare (Crithmum maritimum) e la campanula di Savona (Campanula sabatia), specie protetta diffusa proprio nella Riviera di Ponente. 

L’isola è un Sito di Interesse Comunitario. La sua distanza dalla terraferma è di meno di 300 metri e può essere coperta a nuoto o in canoa, kayak o pedalò.

Il tratto di mare compreso nell’Amp deve la stupefacente biodiversità che lo caratterizza alla molteplicità degli habitat che custodisce: ci sono praterie di Posidonia, pareti rocciose, formazioni di coralligeno, fondali sabbiosi e fangosi, grotte sottomarine. Ciascuno presenta una ricca dotazione di forme di vita vegetali e animali tanto che vi si contano ben 55 delle circa 180 specie di antozoi (madrepore, coralli, gorgonie attinie, etc.) esistenti nei mari italiani. Per il loro valore, i fondali Noli-Bergeggi di coralligeno con prateria di Posidonia sono Sito di Interesse Comunitario. 

Determinante per la biodiversità è anche il fenomeno della risalita delle acque profonde (upwelling) che si riscontra all’interno dell’Area, con conseguente risalita di grossi quantitativi di nutrienti, ma anche di specie che vivono in profondità, motivo per il quale non è raro incontrare rane pescatrici. Negli anfratti e tra le rocce si trovano polpi, gronchi, murene, cernie, musdee, aragoste e le cicale di mare (Scyllarides latus) , piuttosto rare nel Mar Ligure; sui fondali vivono donzelle, orate, dentici, saraghi, branzini, mormore, aragoste; le grotte accolgono corvine, ghiozzi e triglie, granchi delle grotte. Si incontrano di frequente branchi di barracuda. E nelle praterie di Posidonia vivono anche i cavallucci marini.

Numerose sono le specie di spugne, i nudibranchi e, tra le tante varietà di antozoi, la margherita di mare è diffusa sulle rocce (Parazoanthus axinellae). Al di sotto dei venti metri intorno all’isola e più in profondità nel resto dell’area si trovano gorgonie rosse e anche corallo rosso. Fino a pochi anni fa ancora fiorenti, le popolazioni di Pinna nobilis sono in fortissima regressione come il tutto il Mediterraneo.

Tra le rarità presenti nell’Amp ci sono le distese rosa sulle rocce formate dall’idrozoo Paracoryne huvei, presente a bassissima profondità, il gambero meccanico dallo spiccato colore arancione e, rarissima, la madrepora Oculina patagonica, anch’essa insediata a bassissima profondità. 

Tra i vegetali, oltre alla diffusa Posidonia, ci sono alghe verdi e le diverse varietà di Caulerpa.

L’unica zona A di riserva integrale dell’Amp è a ridosso della costa meridionale dell’isola. Vi sono consentite solo attività di soccorso, sorveglianza, servizio e ricerca scientifica svolte o autorizzate dall’ente gestore. Sono, inoltre, possibili visite guidate subacquee o immersioni singole con respiratore sempre autorizzate e per un numero contingentato di persone.

Tutt’intorno al resto dell’isola ed esternamente alla zona A si trova una delle due zone B di riserva generale, mentre l’altra è situata lungo la costa della terraferma prospiciente Punta Predani. Nei tratti di mare corrispondenti sono consentiti la balneazione; la navigazione a remi, a vela e a motore con velocità non superiore ai cinque nodi, escluse ovunque le moto d’acqua; l’ormeggio in aree attrezzate, mentre è vietato l’ancoraggio. Sono possibili immersioni guidate individuali e di gruppo e individuali anche senza respiratore, ma sempre autorizzate. 

Ciò che vale anche nel tratto di mare restante all’interno del perimetro dell’Amp, che è compreso nella zona C di riserva speciale dove è consentita la piccola pesca artigianale solo per i residenti dei Comuni di Bergeggi, Spotorno, Noli e Vado, ma da maggio a settembre è vietata dalle 8.00 alle 19.30 a meno di 100 metri dalla costa. Anche l’attività di pescaturismo e la pesca sportiva sono riservate con prescrizioni ai residenti del Comune di Bergeggi. Nella zona C è prevista la navigazione con ogni tipo di natante con una velocità non superiore ai dieci nodi. E l’ancoraggio è possibile in zone autorizzate, ma non dove ci sono le praterie di Posidonia e i fondali di coralligeno indicati dall’ente gestore.

In ogni parte dell’Amp sono vietati il contatto diretto con il fondo marino, l’asportazione di qualunque elemento naturale e l’introduzione di qualunque materiale e, in generale, di arrecare disturbo agli organismi marini. Ė fatto obbligo di segnalare la presenza di attrezzi da pesca abbandonati e di rifiuti sui fondali.

Nelle zone B e C è vietato l’accesso alle grotte anche con imbarcazioni a remi da maggio a settembre e nel braccio di mare tra l’isola e la terraferma si può transitare solo con natanti a remi o a pedali. 

Mai contatto con fondo marino, asportazione di qualunque cosa, dar da mangiare ai pesci, introdurre qualunque materiale e in generale arrecare disturbo agli organismi marini segnalare attrezzi da pesca e rifiuti sui fondali.

Nell’Amp si trova la più importante grotta marina della Liguria, di grande valore anche come sito preistorico, visto che vi sono state rinvenute testimonianze di un insediamento e di sepolcri risalenti al Neolitico. Nota anche come Grotta di Vado, di natura carsica, lunga 34 metri e larga 17, consta di una parte emersa e di una sommersa, caratterizzata da cunicoli e ampie sale alternate a grotte più piccole. Gli ambienti della grotta sono di notevole interesse anche dal punto di vista naturalistico. Nella parte sommersa, in particolare, vive anche la rarissima “spugna bianca” (Petrobiona massiliana), un fossile vivente che si credeva addirittura estinto, protetto da convenzioni internazionali. 

La grotta, non più accessibile via terra, può essere raggiunta a nuoto, o con canoa e kayak ed è fruibile solo con visite guidate.